小さい会社を経営していますが、もう10年以上も商業登記をしていません。大丈夫でしょうか。

会社が有限会社か株式会社かで異なります。

まず、有限会社の場合は、今まで取締役等の役員の変更もなく、また会社定款で任期の定めもない場合など、登記すべき事項に変更がなければ、商業登記を申請する必要はありません。
なお、有限会社は、会社法が施行された平成18年5月1日以後は、法的に株式会社（特例有限会社）となっています。（なお、特例有限会社では、後述する12年以上商業登記をしなくても休眠会社扱いされる規定は適用されないので、この点についても問題はありません）

次に、株式会社の場合は、会社法施行前の株式会社では、すべて取締役の任期が2年だったので、取締役が重任したなど登記すべき事項に変更が生じている場合がほとんどです。
したがって、商業登記をする必要があります。
また12年以上商業登記をしていないと休眠会社扱いされて、法的に解散扱いになってしまうこともあるので、できるだけ早めに司法書士に相談して商業登記をしてください。